НДС с авансов выданных

Добрый день!
Подскажите, пожалуйста.
Такая ситуация, поступила предоплата от покупателя в 3 квартале 13.09.2015 г. Бухгалтер сразу выписал Счет-фактуру на аванс. 14.09.2015 г. произошла отгрузка. Данная счет-фактура должна была отразиться и в книге покупок, и в книге продаж за 3 квартал. Но в книге покупок за 3 квартал она не отразилась, а отражается теперь в книге покупок за 4 квартал, дата события стоит 14.09.2015 г. Как быть? Можно ли оставить так, как формирует программа или нужно сдавать уточненку за 3 квартал? Тогда будет возмещение из бюджета.